سید مرتضی آوینی در 21 شهریور 1326 در شهر ری به دنیا آمد. با این که نام شناسنامهایِ او «سید مرتضی» بود، از همان کودکی و در خانواده با نام «کامران» که نام دومش بود مورد خطاب قرار میگرفت. پدر آوینی مهندس معدن بود و به اقتضای آن، میبایست به معادن مختلف سطح کشور سفر میکرد. او تحصیلات ابتدایی و متوسطهٔ خود را در شهرهای زنجان، کرمان و تهران به پایان رساند. از کودکی با هنر انس داشت، شعر میسرود، داستان و مقاله مینوشت و نقاشی میکرد.
آوینی در سال 1344 به عنوان دانشجوی معماری وارد دانشکدهٔ هنرهای زیبای دانشگاه تهران شد. او معماری را با علاقهٔ زیاد یادگرفت، ولی پس از پیروزی انقلاب ایران (1357) بنا به ضرورتهای انقلاب آن را کنار گذاشت و به فیلمسازی پرداخت.
از نخستین کارهای او در گروه جهاد میتوان به مجموعهٔ شش روز در ترکمنصحرا، سیل خوزستان، و مجموعهٔ مستند خانگَزیدهها اشاره کرد. گروه جهاد نخستین گروهی بود که بلافاصله پس از آغاز جنگ به جبهه رفت. دو نفر از اعضای گروه در همان روزهای نخست جنگ در قصر شیرین اسیر شدند و نفر سوم، در حالی که تیر به شانهاش خورده بود از حلقهٔ محاصره گریخت. پس از یک هفته که خرمشهر سقوط کرد و گروه که تازه توانسته بود شکل دوباره به خود بگیرد راهی منطقه شد. آنها در جستوجوی حقیقت ماجرا به خرمشهر و آبادان رفتند که سخت در محاصره بود. ساخت مجموعهٔ حقیقت اینگونه آغاز شد.
کار گروه جهاد در جبههها ادامه یافت. عملیات والفجر هشت که آغاز شد گروه، دیگر منسجم و منظم شده بود. همین شد که مجموعهٔ تلویزیونی روایت فتح در همان حال و هوا شکل گرفت و تا پایان جنگ هم ادامه پیدا کرد. آوینی میگوید: «انگیزش درونی هنرمندانی که در واحد تلویزیونی جهاد سازندگی جمع آمده بودند آنها را به جبهههای دفاع مقدس میکشاند نه وظایف و تعهدات اداری. روح کارمندی نمیتوانست در این عرصه منشأ فعل و اثر باشد. گروههای فیلمبرداری ما با همان انگیزههایی که رزمآوران را به جبهه کشانده بود کار میکردند… اینجا عرصهای نبود که فقط پای تکنیک یا هنر در میان باشد.»
مرتضی آوینی با پایان جنگ و در فاصلهٔ سالهای پایان جنگ و تأسیس مؤسسهٔ روایت فتح، نوعی کار هنری-مطبوعاتی را تجربه کرد. او در این دوره به سینما، هنر، فرهنگ واحد جهانی و مواجههٔ آن با مسائل گوناگون میاندیشید. حاصل همهٔ آن افکار و پژوهشها و مباحث، نوشتههاییاست که از او به جا ماندهاند. تأملات مرتضی آوینی در ماهیت سینما که در فصلنامهٔ فارابی به چاپ رسیدند و بعد مقالاتی با عناوین جذابیت در سینما، آینهٔ جادو، قاب تصویر، زبان سینما و… از فروردین 1368 در ماهنامهٔ سوره منتشر شدند. مجموعهٔ این مقالات در کتاب آینهٔ جادو که جلد نخست از مجموعهٔ مقالات و نقدهای سینمایی او هستند چاپ شدهاست.
هرچند آشنایی با سینما در طول مدت بیش از ده سال مستندسازی و تجارب مرتضی آوینی در زمینهٔ کارگردانی مستند و بهویژه مونتاژ باعث شد که پیش از هر چیز به سینما بپردازد ولی اندیشه و سخن وی ناظر بر افقی فراتر بود. او در کنار تألیف مقالات نظریهپردازانه دربارهٔ ماهیت سینما و نقد سینمای ایران و جهان، مقالات بسیاری دربارهٔ حقیقت هنر، هنر و عرفان، هنر جدید اعم از رمان، نقاشی، گرافیک، تئاتر، هنر دینی و سنتی، هنر انقلاب و… نوشت که بیشتر آنها در ماهنامهٔ سوره به چاپ رسید. طی همین دوران در خصوص مبانی سیاسی- اعتقادی نظام اسلامی و ولایت فقیه، فرهنگ انقلاب در مقابله با فرهنگ واحد جهانی و موضوعات دیگر، تفکر و پژوهش کرد تا بتواند پاسخهایی برای همهٔ پرسشهایی که داشت پیدا کند.
نوشتههای آوینی در ماهنامه سوره باعث شد برخی جریانهای سیاسی وابسته به حکومت با او مخالفت کنند. اما همان گروه پس از مرگ آوینی به طرفداری از او پرداختند.
اواخر سال 1370 مؤسسه فرهنگی روایت فتح به دستور سیدعلی خامنهای تأسیس شد تا به کار فیلمسازی مستند و سینمایی دربارهٔ دفاع مقدس بپردازد و تهیهٔ مجموعهٔ روایت فتح را که پس از پذیرش قطعنامه رها شده بود ادامه دهد. آوینی و بقیهٔ گروه، سفر به مناطق جنگی را از سر گرفتند و طی مدتی کمتر از یک سال، کار تهیهٔ شش برنامه از مجموعهٔ ده قسمتی شهری در آسمان را به پایان رساندند و مقدمات تهیهٔ مجموعههای دیگری را دربارهٔ آبادان، سوسنگرد، هویزه، و فکه تدارک دیدند. اگرچه مقارن با همین زمان، کارهای مطبوعاتی او نیز ادامه داشتند. شهری در آسمان که به واقعهٔ محاصره، سقوط و بازپسگیری خرمشهر میپرداخت، از سیما پخش شد، اما برنامهٔ وی برای تکمیل این مجموعه و ساختن مجموعههای دیگر با مرگش ناتمام ماند.
مرتضی آوینی از منتقدان سرسخت سیاستهای فرهنگی محمد خاتمی بود. آوینی روز 20 فروردین 1372 در منطقه فکه در حال بررسی لوکیشن فیلم مستند شهری در آسمان، به همراه محمد سعید یزدانپرست با مین برخورد کرد و بر اثر اصابت ترکش مین باقیمانده از جنگ ایران و عراق کشته شد.